اهداف اصلی دفتر معاونت پژوهشی بررسی، ارزیابی و تصمیم‌گیری در خصوص کلیه فعالیت‌های پژوهشی درون دانشگاه سجاد همچنین امور ملی و بین‌الملل مربوط می‌باشد.

واحدهای زیر نظر معاونت پژوهشی:

• مرکز انفورماتیک
• کتابخانه
• دفتر کارآفرینی دانشگاه
• دفتر ارتباط با صنعت
• آزمایشگا‌ه‌ها و کارگاه‌های آموزشی
• آزمایشگا‌ه‌های پژوهشی
• مرکز تحقیقات سجاد
• مرکز نوآوری (وابسته به پارک علم و فناوری استان خراسان رضوی)

شوراها و کمیته‌های تحت نظارت معاونت پژوهشی:

• شورای پژوهشی شورای پژوهشی دانشگاه به‌منظور سياست‌گذاری و برنامه‌ريزی در جهت ارتقای کيفيت پژوهش در دانشگاه تشکيل می‌شود.
• شورای انتشارات شورای انتشارات مرجع رسیدگی به درخواست‌های مولفین و مترجمین کتاب، انعقاد قرارداد با داوران مربوط، ارزیابی نظرات داوران و تصویب نهایی کتاب برای چاپ می‎باشد.
• شورای انفورماتیک
• کمیته وب
• شورای کتابخانه